PCR反應(yīng)開始前，你需要準(zhǔn)備好DNA模板（基因組DNA或者反轉(zhuǎn)錄制備的cDNA）,特異性的引物（手動(dòng)設(shè)計(jì)或利用軟件設(shè)計(jì)）并選擇合適的商業(yè)化DNA聚合酶（根據(jù)實(shí)驗(yàn)的目的不同做出決定）。

1. DNA聚合酶的選擇。市面上有多種DNA聚合酶可供選擇，他們的特性也各有不同。因此你需要選擇zui適合自己實(shí)驗(yàn)需要的產(chǎn)品。通常我們將DNA聚合酶分為高保真性聚合酶和普通的Taq聚合酶。如果你希望得到?jīng)]有任何突變的PCR產(chǎn)物，那應(yīng)當(dāng)選擇高保真聚合酶。若你只是希望判斷特異性序列的存在與否，那普通的Taq聚合酶已經(jīng)足夠。另外要注意的一點(diǎn)是，進(jìn)行T載體連接的時(shí)候，要了解高保真的聚合酶所得的產(chǎn)物是沒有A末端的，因此你在T載體連接之前需要進(jìn)行加A反應(yīng)?；蛘咧苯舆x用普通的Taq聚合酶。
2. 引物。引物特異性會(huì)影響到PCR反應(yīng)成功的可能性，好的引物設(shè)計(jì)對(duì)PCR成功至關(guān)重要。設(shè)計(jì)引物時(shí)，有以下幾條原則需要謹(jǐn)慎考慮：
1）. 引物長度。通常PCR引物長度在18-22個(gè)堿基之間。這對(duì)引物的特異性以及退火溫度而言均已足夠。
2). 解鏈溫度Tm。Tm值的定義是使得一半雙鏈DNA解螺旋成為單鏈DNA的溫度。引物的Tm值通常要在52-58度之間。
3). GC含量。zui 適合的GC含量為40-60%。
就目前而言很多軟件都可以用來設(shè)計(jì)引物，如primer5和Oligo。通常這些軟件設(shè)計(jì)得到的引物均可以滿足需要。