對于多孔結(jié)構(gòu)填料的使用，應(yīng)根據(jù)被分離樣品的分子量大小來選擇合適孔徑的填料。以多孔型的TSKgelPhenyl-5PWRP和Qc-tadecyl4PW兩種反相填料為例，前者適合于分離分子量大于10000的大分子化合物，而后者則對分子量小于10000的較小分子化合物是適宜的。同樣情況，如果選擇PLRP-S填料來分離肽類和蛋白質(zhì)的話，那么孔徑為10nm的填料，大概對于15-20個氨基酸長度的肽類是合適的，孔徑為30nm的填料，對于中等分子量的球形蛋白質(zhì)是適合的；孔徑為100unm的填料，對于較大的球狀蛋白質(zhì)或那些纖維狀結(jié)構(gòu)的化合物是適宜的；而孔徑為400nm的超大孔填料，則可分離很大分子量的物質(zhì)。

在高效的反相色譜填料中，以SOURCE15RPC、30RPC和POROSR、C18兩類樹脂的性能*為優(yōu)異。它們均有很高的負(fù)載量，均可在很高流速下使用，而且操作壓力都很低，對于快速高效高分辨的分離復(fù)雜生物大分子尤為適宜。表示POROOSR/H填充柱，在高流速的梯度淋洗條件下，分別對于蛋白質(zhì)混合物和血管緊張肽組分（后者在堿性淋洗體系中）的分離結(jié)果。