熒光定量 PCR 的應用范圍，具體來說可以分為以下幾個方面：
（1）分析點突變和等位基因熒光定量PCR可以進行點突變分析和等位基因分析，用不同的熒光報告基團標記Taqman探針，然后分別與野生型和突變型雜交，如果一種熒光信號明顯強于另一種熒光信號，則表明它是純合子；如果兩種熒光信號都明顯增強，則表明它是雜合子。另外分子信標（Molecular Beacon）就是專門為這種技術(shù)設計的探針。
（2）基因表達的定量分析熒光定量PCR對各種基因的表達進行定量分析，如：同一基因在不同組織中的表達差異、同一基因在不同**處理后的表達差異、轉(zhuǎn)基因食品的檢測。過去*常用的高通量篩選基因表達差異的技術(shù)是cDNA芯片和差異顯示，但這兩種技術(shù)的缺點是只能定性而非完整意義上的定量分析。實時PCR技術(shù)和高通道實時 PCR 儀 的出現(xiàn)，無疑為這種檢測提供了極大的方便。
（3）DNA甲基化檢測熒光定量PCR可以進行DNA甲基化檢測，DNA甲基化同人類的許多**有關，特別是癌癥，Laird報道了一種稱作Methylight的技術(shù)，在擴增之前先處理DNA，使得未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不受影響，用特異性的引物和Taqman探針來區(qū)分甲基化和非甲基化的DNA，這種方法不僅方便而且靈敏度更高。
（4）單核苷酸多態(tài)性分析 熒光定量 PCR 可以進行單核苷酸多態(tài)性的分析，檢測單核苷酸多態(tài)性對于研究個體對不同**的易感性或者個體對特定**的不同反應有著重要的意義，因分子信標結(jié)構(gòu)的巧妙性，一旦SNP的序列信息是已知的，采用這種技術(shù)進行高通量的SNP檢測將會變得簡單而準確。
（5）定量定性分析傳染性**熒光定量PCR對傳染性**進行定量定性分析，這在我國應用比較廣泛，大家比較熟悉。許多生產(chǎn)臨床PCR試劑的廠商已經(jīng)陸續(xù)推出了一系列的診斷試劑，如：肝炎系列、性病系列、腫瘤系列等等。
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